وتولت أبو النجا وزارة التعاون الدولي في نوفمبر/تشرين الثاني 2001، لتصبح أول سيدة يتم تعيينها في مثل هذا المنصب بمصر.واختارها عصام شرف، أول رئيس وزراء لمصر بعد الثورة، لحقيبة التخطيط والتعاون الدولي، وبعد وزارة عصام شرف، تم اختيار فايزة أبو النجا لنفس الحقيبة في الوزارة التي تلتها لـ كمال الجنزوري.شغلت قبل انضمامها إلى مجلس الوزراء، في الفترة من 1999 حتى نهاية 2001، منصب مندوب مصر الدائم لدى الأمم المتحدة في جنيف.وفي عام 1987، انضمت أبو النجا إلى فريق الدفاع المصري برئاسة السفير نبيل العربي في لجنة هيئة تحكيم طابا في جنيف، والتي أصدرت حكمها لصالح مصر.خلال الفترة من 1997 حتى 1999، شغلت فايزة أبو النجا منصب نائب مساعد وزير الخارجية للعلاقات الإفريقية الثنائية، ولعبت دوراً بارزاً في تحسين علاقات التعاون بين مصر والدول الإفريقية.عُينت أبو النجا عام 2002، رئيساً للجنة القومية لإزالة الألغام وتنمية الساحل الشمالي الغربي بمصر، وأيضاً عضواً في المجموعة الاقتصادية الوزارية والعديد من اللجان الوزارية المعنية بوضع سياسات التخطيط الاقتصادي وإدارة الدين الخارجي والاستثمار والتوظيف.
