يخشى عبدالفتاح البرهان ومساعديه الثلاثة من التبعات القانونية للجرائم المرتكبة خلال السنوات الست الماضية، بما فيها مقتل واصابة أكثر من 6 آلاف شخص في فض اعتصام الثوار أمام القيادة العامة للجيش في الثالث من يونيو 2019، والمظاهرات الرافضة لانقلاب الخامس والعشرين من أكتوبر 2021 بحسب وسائل إعلام غربية.
ويحمّل مراقبون قادة الجيش الحاليين مسؤولية تلك الجرائم، ويتهمونهم بالتنسيق مع قيادات تنظيم الإخوان لاستعادة سلطتهم التي فقدوها بعد الإطاحة بهم بثورة شعبية في أبريل 2019.
ويقول المراقبون إن قادة الجيش الذين كانوا على رأس المجلس العسكري الحاكم عند وقوع جريمة فض الاعتصام، والذين شاركوا في تنفيذ أكتوبر 2021 عملوا بالتعاون مع تنظيم الإخوان على إفشال جميع المبادرات الدولية والإقليمية العشر التي سعت لوقف الحرب منذ الأسابيع الأولى من اندلاعها في أبريل 2023 بهدف محاولة الإفلات من العقاب عبر إعادة تمكين عناصر الإخوان في مفاصل الدولة الأمنية والعدلية.